Las modificaciones al reglamento del Sistema Nacional de Investigadores son en algunos de sus cambios discriminantes para parte de los investigadores que hoy forman parte del mismo, en particular para aquellos laborando en instituciones de educación superior privadas. En particular, la modificación al Articulo 61 que remueve por completo la mención a los investigadores que laboran en instituciones de educación superior o centros de investigación privados. Esto es una violación al principio de igualdad y libertad que la Constitución Mexicana establece en su artículo 13. Otros cambios afectan de manera significativa la libertad de investigación (dan preferencia al desarrollo de proyectos en líneas de interés de Problemas nacionales) y la equidad y transparencia (en criterios de evaluación y mecanismos de designación de comisiones de evaluación).