El presente reglamento es contradictorio en sus consideraciones ya que por una parte reconoce que la constitución en su artículo 3 que toda persona tiene derecho a gozar de los beneficios del desarrollo de la ciencia y la innovación tecnológica pero al mismo tiempo adjudica al Sistema Nacional de Investigadoras e Investigadoras que debe atender la diferencia existente entre universidades del sector público y privado considerando a que estas últimas generan plusvalía al explotar el trabajo y la producción intelectual de los científicos. Es decir, solo las personas que tienen derecho a gozar de los beneficios del desarrollo de la ciencia y la innovación tecnológica son aquellas laborando en instituciones públicas. Esto obviamente conlleva a una discriminación contra científicos que laboran en instituciones del sector privado ya que no forman parte de la población objetivo del SNII (ver artículo 17) y además no podrán recibir estímulo económico como el resto de sus compañeros de instituciones públicas a pesar de ser Mexicanos con los mismos derechos y obligaciones. Por otro lado, para que los investigadores del sector privado puedan participar en las convocatorias del SNII es necesario que su institución firme un convenio de colaboración con CONAHCYT pero la firma del convenio no depende del investigador por lo que se afecta los derechos de los investigadores del sector privado de pertenecer al sistema.