La Ley Orgánica de la Administración Publica Federal, en la fracción XXI, de su artículo 35 señala que a la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural, le corresponde fomentar la actividad pesquera, a través de una entidad pública. Por lo que, el 5 de junio de 2001, se publicó, en el Diario Oficial de la Federación (DOF), el Decreto por el que se crea la Comisión Nacional de Acuacultura y Pesca (CONAPESCA), órgano administrativo desconcentrado de la entonces Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA), ahora, Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER).
En el Reglamento Interior de la SAGARPA, publicado en el DOF del 25 de abril de 2001, se encontraban previstas atribuciones para las Unidades Administrativas de la CONAPESCA, las cuales siguen siendo aplicables por disposición del octavo transitorio del Reglamento Interior vigente de la SADER, esto, hasta que se emita el propio Reglamento Interior de la CONAPESCA; con su emisión se sumara a la certeza jurídica en cuanto a la actuación de las personas servidoras publicas de la CONAPESCA, sin crear nuevas plazas o unidades administrativas a las ya existentes.