El Programa Institucional del CONAFE articula sus estrategias y acciones para implementar el modelo de Educación Básica Comunitaria, establecido en el artículo 2o. del Estatuto Orgánico del CONAFE, el cual conjunta la propuesta pedagógica de la Relación Tutora y el desarrollo de capacidades de gestión de las comunidades que favorece su empoderamiento y participación en los procesos educativos locales, atendiendo como líneas principales la cobertura de la Primera Infancia, las trayectorias completas en la educación básica, la alfabetización, los aprendizajes en la postsecundaria y de adultos, la captación, formación y permanencia de educadores comunitarios principalmente locales, el diseño de contenidos de interés para el aprendizaje, así como la participación en los diversos programas de bienestar internos y externos.