El Gobierno de México, a través del INPI, instrumenta el PAEI, para dar respuesta a las demandas de la población indígena y afromexicana relacionadas con el acceso y la permanencia en los diferentes niveles educativos, así como para fortalecer la interculturalidad y establecer estrategias paralelas para disminuir los riesgos a la salud y mejorar los estados nutricionales de niñas, niños, adolescentes y jóvenes indígenas y afromexicanos. Asimismo, el programa otorga becas a estudiantes indígenas y afromexicanos que cursan educación superior y maestría a efecto de consolidar su proceso formativo e impulsarlos a la conclusión de sus estudios profesionales.
El Programa brinda hospedaje y alimentación, promueve el fortalecimiento de la identidad cultural y fomenta actividades de recreación y esparcimiento. Con esto, contribuye a mejorar las oportunidades de las niñas, niños, adolescentes y jóvenes indígenas y afromexicanos con el propósito de crear las condiciones para que desarrollen de manera integral sus capacidades, conocimientos, habilidades y valores, a fin de tener una vida justa y digna.
El Programa contribuye al desarrollo de la población atendida, entendiendo éste, como el proceso de formación comunitaria que cada estudiante debe seguir, así como la madurez y el compromiso que cada uno de ellos debe mostrar y asumir ante la diversidad étnica, lingüística y cultural de la nación mexicana y las relaciones interculturales. Para esto, el Programa considera las siguientes modalidades de atención: 1) Casas y Comedores de la Niñez Indígena, 2) Casas y Comedores Comunitarios del Estudiante Indígena, 3) Casas y Comedores Universitarios Indígenas y 4) Becas de Educación Superior, Maestría y Apoyo a Titulación.
El Programa tiene como objetivo general: Contribuir a la permanencia, desarrollo y conclusión del grado y nivel académico de las niñas, niños, adolescentes y jóvenes estudiantes, de 5 a 29 años de edad, pertenecientes a los pueblos y comunidades indígenas y afromexicanas, inscritos en escuelas públicas de los niveles básico, medio superior, superior y maestría, por medio de servicios de alimentación, hospedaje, becas y actividades complementarias, priorizando aquéllos que no tienen opciones educativas en su comunidad, con la finalidad de mejorar el acceso a la educación y disminuir el rezago educativo de esta población.